根据工作需要，馆内设立五部一室：
| 部门名称 |
主要职能 |
E—mail |
| 办公室 |
负责全馆的日常行政事务，并为馆内业务工作的开展提供后勤服务保障 |
tsgbgs@fynu.edu.cn |
| 信息技术部 |
负责全馆计算机和网络系统的管理，图书馆各类平台和数字资源的维护等 |
libcnc@fynu.edu.cn |
| 文化推广部 |
负责馆藏资源宣传、阅读推广活动策划等 |
tsgqkb@fynu.edu.cn |
| 信息咨询部 |
负责读者咨询、信息素养教育、文献传递、馆际互借等 |
tsgzxb@fynu.edu.cn |
| 读者服务部 |
负责图书、期刊收藏和借阅等 |
tsgltb@fynu.edu.cn |
| 资源建设部 |
负责纸电文献资源的采访、编目等 |
tsgcbb@fynu.edu.cn |