学校以西湖校区建设为契机，开启空间拓展与内涵提升并进的新阶段。随着首期工程竣工，六个院系顺利迁入，办学条件显著改善。此后，学校相继获批安徽省文明单位，实现硕士学位授予权突破、全日制在校生规模破万等重要跨越。至2006年建校五十周年，阜阳大学筹建工作正式启动，标志着学校在拓址扩容与办学升格中完成了向综合性大学的转型启航
为深入创建阜阳大学，学校以学科建设为龙头，以教学工作为中心，以教学评建为契机，先后组织召开第五届教代会暨第六届工代会和第四次党代会，谋划推进党的建设和教育教学工作，全面加强党的领导，不断深化教学改革，持续提升科研能力，奋力推进学校又好又快发展，以“优秀”成绩通过教育部本科教学工作水平评估
2009至2013年，学校步入内涵提升、成果迭出的快速发展期。全国大学生艺术展演、国家社科基金项目、国家级特色专业、省级重点实验室等实现多项突破；校团委获“全省五四红旗团委”，文学院学生第一党支部荣获“全国先进基层党组织”称号。2013年，学校获批独立硕士学位授予单位及3个一级学科硕士点，人才培养层次实现历史性跨越。这一时期，学校以质量为核心、以特色为引领，办学实力和社会影响力显著增强
党的十八大以来，学校深入贯彻落实第五次党代会精神，深度聚焦内涵建设、特色发展和转型升级，坚持育人为本，推进教育创新，调整优化结构，实施系列改革工程，即统筹谋划管理体制改革、稳妥实施绩效工资改革、精心组织处科级干部全员聘任、深入推进二级学院整合与学科专业结构优化调整等，全面提高办学质量，奋力开创事业发展新局面
2016年以来，学校坚持“守师范传统、走应用之路、促皖北崛起”办学思路，以审核评估自评自建和大学更名工作为抓手，加快推进内涵提升、特色发展和转型升级，学校顺利通过教育部本科教学工作审核评估，成功实现大学更名并获批为安徽省立项建设博士学位授予单位，加快向特色鲜明的地方性应用型高水平师范大学迈进
