2024年11月1日，北京大学生命科学学院和北大-清华生命科学联合中心胡家志课题组及合作者在Nature Communications发表了标题为“Transfer of mitochondrial DNA into the nuclear genome during induced DNA breaks”的研究论文。该项研究中作者采用实验室前期开发的用于系统分析基因编辑产物的高通量测序方法——PEM-seq⁵（Cell Discovery | 胡家志研究组开发出优化基因编辑和追踪DNA修复的新方法），发现在核基因组编辑过程中，线粒体DNA片段可能插入到靶向位点，与此同时线粒体DNA的靶向编辑也会引发线粒体DNA的不稳定，导致其插入到核基因组中。作者还发现，通过同时表达DNA外切酶TREX1或TREX2可以降低线粒体DNA插入的频率。这一研究通过研究基因编辑引发的DNA断裂对线粒体DNA的影响，揭示了基因编辑过程中线粒体DNA片段插入核基因组带来的潜在风险并提出了可行的解决思路。

论文截图

作者研究利用PEM-seq方法分析了CRISPR-Cas编辑核基因组后靶向位点的情况，发现在多种CRISPR-Cas编辑酶及Cas9家族变体编辑后，核基因组编辑位点都发生了mtDNA与靶向位点融合的序列。在编辑后的细胞中mtDNA与核基因组靶向位点融合的事件在每10³至10⁵次编辑事件中发生一次，而未编辑的样本几乎没有mt-nuclear DNA融合，说明这些事件主要与CRISPR-Cas编辑相关。与SpCas9相比，Cas12家族的编辑工具表现出稍低的mtDNA整合水平，而使用碱基编辑器可以通过降低DSB频率大幅降低mtDNA整合的频率。不仅如此，作者在编辑过后的CAR T细胞体系，小鼠TCR T细胞，以及碱基编辑后的小鼠胚胎中都发现了由基因编辑引起的线粒体DNA与核基因组融合事件。

作者进一步通过特异性扩增靶向位点的插入序列证明在基因编辑过程中线粒体DNA碎片可以插入到核基因组的靶向位点，且线粒体药物CCCP和Paraquat处理或在线粒体引入DSB都能显著增加核基因组靶向位点mtDNA的插入，说明这一事件频率受到线粒体DNA稳定性的影响。

那么由于线粒体基因编辑导致的线粒体DNA碎片是否有可能插入到核基因组中呢？作者利用PEM-seq发现，在mitoTALEN编辑后线粒体DNA与核基因组整合序列的断点大多发生在mitoTALEN的编辑窗口内。同样的，在DdCBE编辑后也能发现编辑位点与核基因组的整合，证明线粒体编辑器同样可以导致线粒体DNA插入到核基因组中（图1A）。在细胞中核酸外切酶TREX1和TREX2会清除细胞质中游离的DNA片段从而避免细胞炎症反应的过度激活⁶。作者发现，在编辑过程中同时表达TREX1或TREX2可以显著降低编辑过程中线粒体DNA的插入（图1B），为解决这一编辑安全隐患提出了解决的思路。

图1 线粒体编辑器引起线粒体DNA片段整合到核基因组